Návazně na tento akt byl 14. ledna 2014 podepsán prováděcí protokol k této dohodě. Svým podpisem jej ztvrdili obchodní ředitel ČD Cargo Ing. Václav Andrýsek, MBA a ředitelka odboru dohledu cel JUDr. Veronika Samsonová.

V protokolu jsou stanovena pravidla pro výkon kontrolní činnosti celních orgánů v železniční dopravě a také podmínky spolupráce v proškolování zaměstnanců, poskytování informací a dokladů o přepravovaném zboží, včetně přístupu do potřebných informačních systémů. Z tohoto základního dokumentu budou vycházet prováděcí protokoly na regionální úrovni.

Podpisové schůzky bylo zároveň využito k vyhodnocení součinnosti a spolupráce za uplynulý rok. Zástupci ČD Cargo ocenili zejména proškolování vybraných zaměstnanců z novinek v celní legislativě, pravidelné schůzky pracovní skupiny e-Customs a minimálním vliv kontrol na železniční provoz.